شهید سید مصطفی خمینی در تفسیر قرآن رسالت قرآن را که همانا هدایت انسانها است از یاد نبرده و در ذیل همه آیات به موعظه و نصیحت متناسب با آن پرداخته است. به نظر می رسد که به عقیده وی تفسیر اگر بخواهد قرآن را به درستی بشناساند، لازم است هدایت اجمالی قرآن را تفصیل داده و خود کتابی هدایتگر باشد. به این دلیل وی در پی معارفی که از آیات به دست می آورد. آنچه را در اخلاق و رفتار بشر می تواند مؤثر باشد، انتخاب کرده و با شرح و بسط بیشتری - با آگاه کردن خواننده نسبت به آن معارف و ارتباط آن با رفتار فردی و اجتماعی - به تربیت و هدایت می پردازد به این ترتیب، به دنبال آیات مربوط به منافقین، به تذکرات لازم درباره خودداری از نفاق و خصلتهای منافقین  و به دنبال آیه مربوط به سجده ملائکه به مقامات انسان و لزوم حفظ و رسیدن به غایت بشری اشاره می کند. وی در این قسمت از ادعیه پر مضمون ائمه اطهار علیهم السلام استفاده بسیار کرده است. نیز تفسیر القرآن الکریم.
 
تفسیر القرآن الکریم، اثر سید مصطفی خمینی (۱۳۶۹–۱۳۹۷ق) فرزند رشید امام خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران. این تفسیر معروف به تفسیر حاج آقا مصطفی و در چهار جلد به زبان عربی نگاشته شده و محصول یکی از تلاش های طولانی مفسر است که با مرگ غیر مترقبه ایشان ناتمام ماند و نتوانست جز تفسیر سوره حمد و ۲۵ آیه از سوره بقره را تفسیر کند. در همین چهار جلد و در حدود سی آیه، می توان به دست آورد که یکی از نمونه های بارز تفسیر جامع و مفصل در دوران معاصر است که به جنبه های مختلف تفسیر و استنباط علوم و معارف اسلامی پرداخته است. تفسیر یاد شده در بردارنده علوم گوناگون از صرف، نحو، معانی، بیان، فلسفه، عرفان، فقه، اصول، نجوم، هیئت و مباحث اخلاقی و اجتماعی است. مفسر در آغاز کتاب به مقدمه ای بسیار کوتاه بسنده کرده و در آن فقط به دو بحث اشاره می کند، نخست درباره حقیقت علم تفسیر است که در آن به نکات جالبی اشاره می کند و دوم درباره معنای قرآن و وجه تسمیه قرآن، پس از مقدمه به بحث های تفسیری می پردازد که در این قسمت مطالب خود را به چند بخش تقسیم می کند، در آغاز، همانند بسیاری از تفاسیر، اطلاعاتی در زمینه سوره می دهد. این اطلاعات شامل نام سوره، عدد آیات و کلمات، مکی و مدنی بودن و فضیلت سوره می شود. در بخش دوم به تفسیر آیه یا اجزای آیه و تفسیر واژه ها می پردازد. در این قسمت است که به شکل گسترده در زمینه رسم الخط، لغت شناسی، صرف، نحو، قرائت معانی و بلاغت حکمت و فلسفه، فقه، علم حروف و اعداد، علم اسماء و برخی موضوعات دیگر می پردازد. همه جنبه های کلمه و آیه را وارسی می کند و انصافا در این زمینه تحقیقات شگرف و قابل توجهی ارائه میدهد. این تفسیر پس از فوت مفسر با تصحیح محمد سجادی اصفهانی توسط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال ۱۳۹۲ ش در قطع وزیری به چاپ رسیده است.
 
مجتهد زمان خود ایشان از نظر علمی، در فلسفه، کلام، فقه، اصول، تاریخ و تفسیر عالمی فوق العاده بود. مثلا در فقه در آن موقع که هنوز انقلاب به پیروزی نرسیده نظریات راهگشایی داده که اگر انقلاب پیروز و حکومت اسلامی تشکیل شده بود و فقه مدرسه ای با فقه حکومتی مواجه می شد، معلوم می شود ایشان چگونه با مسایل برخورد می کرد. همچنین در آن زمان راجع به موسیقی، هنر، مجسمه سازی و... نظریاتی داده و تأثیر زمان و مکان را نیز در اجتهاد در برخی از نامه های خود به دوستان کاملا مورد توجه قرار داده در حالی که هنوز انقلاب به پیروزی نرسیده بود و ما در اداره جامعه اسلامی با نیازها و کمبودها و مشکلات مواجه نشده بودیم. ( آیت الله صانعی، کتاب یادها و یادمانها، جلد دوم،).
 
بدنبال مطرح کردن خود نبود مقام زهد ایشان و وارستگی و عبادت و تقوی و پاکدامنی و تهجد و شب زنده داری و زیارت عاشورا، اعتکاف در مسجد کوفه و... زبانزد بود و از مطرح شدن خود بسیار اباء داشت. یادآور می شوم که امام (رحمة الله علیه) بارها خطاب به حوزویان می فرمودند: ما تا موقعی می توانیم نقش هدایت و ارشاد جامعه را ایفاء کنیم که از زی طلبگی خود خارج نشویم. این مهمترین سرمایه برای ماست. سراسر زندگی خود ایشان نیز مؤید این بود. مرحوم حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) نیز در بازجویی می گوید: «خانه من استیجاری است و ملکی نیز از خود ندارم. تنها یک مقدار کتاب و اثاثیه دارم که آنها را ابوی یا دیگران به من داده اند، در حالی که ایشان فرزند مرجعی بود که بیشترین شهریه را به طلاب می داد. و باید گفت فداکاری ها و مبارزات ایشان نیز در اثر همین مقام زهد و عدم وابستگی به دنیا بود. ( آیت الله صانعی، کتاب یادها و یادمانها، جلد دوم، ص ۱۸-۱۷).
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390